Hoewel de fietsendrager veel goede eigenschappen heeft, zijn er ook duidelijke beperkingen waar rekening mee gehouden moet worden. Het grootste praktische nadeel is het tillen van de fiets naar dakhoogte. Voor één persoon, zeker met zware e-bikes of fietsen met accu's, kan dit onhandig en zelfs onveilig zijn. Dit model is primair bedoeld voor gewone stads-, race- of lichte mountainbikes; zwaardere e-bikes overschrijden vaak het draagvermogen of maken het fysiek onwerkbaar om alleen te plaatsen.
Een tweede punt is windruis en brandstofverbruik. Omdat de fiets op het dak zit, verhoogt de luchtweerstand van het voertuig aanzienlijk en hoort u bij snelweggebruik duidelijk meer geluid. Ook het verbruik neemt iets toe, wat bij langere reizen merkbaar is. Hoewel dit niet direct een probleem is van de drager zelf, is het een reëel nadeel van het daktransportprincipe en iets om bij de keuze mee te wegen.
Tot slot ontbreken bij sommige uitvoeringen geïntegreerde sloten en extra anti-diefstalvoorzieningen, waardoor u afhankelijk bent van losse kabels of kettingsloten. Dat maakt het beheer van sleutels en het vastzetten van de fiets iets omslachtiger. Ook kunnen zeer brede banden (bijvoorbeeld extreem brede fatbike-banden) of afwijkende frametypes problemen geven bij bevestiging zonder aanvullende adapters.