Hoewel de Thule Bike Holder 2.5 over het algemeen zeer robuust en betrouwbaar is, kent het product ook enkele nadelen. Zo kan de universele klemsluiting bij bijzonder lichte of zeer slanke frames soms wat minder strak zijn, waardoor extra aandacht vereist is om de fiets goed vast te zetten. Dit kan een klein nadeel zijn voor gebruikers met speciale framevormen.
Verder is het slotmechanisme van de knevelmoer functioneel, maar wat eenvoudig in vergelijking met complexere geïntegreerde sloten die bij hogere prijsklassen worden geleverd. Vooral bij intensief gebruik of in gebieden met veel fietsendiefstallen voelt dit systeem wellicht minder geruststellend.
Een ander aandachtspunt is dat de houder voornamelijk is ontworpen voor het bevestigen van het frame en minder geschikt is voor fietsen met delicate of kwetsbare onderdelen aan het frame, zoals bepaalde carbon frames of fietsen met bijzondere framebehuizingen. In zulke gevallen is aanvullende bescherming of een ander type houder wellicht aan te raden.
Tot slot kan het gewicht van de houder iets zwaarder zijn dan eenvoudige plastic alternatieven, wat van belang kan zijn bij frequent handmatig monteren en demonteren.