Hoewel de Yakima JustClick 2 veel sterke punten heeft, zijn er ook zwakkere plekken om rekening mee te houden. Het meest opvallende nadeel is het ontbreken van geïntegreerde sloten: de drager kan niet op de auto worden afgesloten en ook de fietsen zijn niet vast met een ingebouwd slotmechanisme. Voor wie de fietsen onbeheerd achterlaat bij een lunchstop of in een stedelijke omgeving is dat een beperking. Je zult dus aanvullende beveiliging (kabels of losse sloten) moeten meenemen en gebruiken.
Verder is de compatibiliteit met sommige framevormen en montagepunten niet altijd perfect — hoewel verstelbare riemen veel oplussen, kan het voorkomen dat bij zeer brede of onconventionele frames extra adapters nodig zijn. De elektrische aansluiting is standaard 13-polig, wat prima is voor moderne voertuigen, maar oudere auto’s met 7-polige aansluitingen hebben mogelijk een adapter nodig. De montage van de eerste keer vraagt enige kracht en gewenning; het JustClick-systeem werkt goed zodra je gewend bent, maar de initiële installatie vergt soms twee handen en een stevige bevestiging.
Tot slot: hoewel de drager relatief licht is voor zijn draagcapaciteit, blijft het totale gewicht van 17,3 kg niet verwaarloosbaar voor één persoon bij het tillen en monteren. Gebruiksgemak is hoog, maar sommige gebruikers kunnen het gebrek aan een geïntegreerd hulpsysteem bij het tillen en het enigszins 'mechanische' gevoel van de klemmen als minder prettig ervaren.